Na prática técnica, nenhuma. Na prática administrativa, a diferença reside na origem do dinheiro. Conforme o Livro Manual de Perícias, o perito atua como um auxiliar da justiça.

Enquanto na perícia paga os honorários são depositados antecipadamente em uma conta judicial e liberados após o laudo, na AJG o perito "financia" o seu tempo para receber do Estado posteriormente. A flexibilidade de horários, citada como uma vantagem da profissão, permite que o perito organize seu fluxo de caixa realizando perícias pagas para custear o período de espera dos recebimentos da AJG.