Esta é uma preocupação comum. Em casos de gratuidade, o perito deve estar atento aos seus custos operacionais. O Manual de Perícias sugere que o profissional seja organizado para que as despesas de deslocamento e material não superem o valor da tabela.
Muitas vezes, o perito utiliza a estrutura de seu escritório particular para absorver esses casos. No entanto, em situações onde a perícia exige exames laboratoriais caros ou viagens longas, o perito deve peticionar ao juiz informando a impossibilidade de arcar com os custos iniciais, solicitando que o Tribunal antecipe verbas ou forneça os meios necessários para a execução do trabalho.